动物科技学院动物科学系下设有两个专业，分别为畜牧兽医专业和运动马驯养与疾病防治专业。两个专业均是北京市特色高水平专业（群）的组建专业之一。

畜牧兽医专业组建于1958年，曾获评国家示范性（骨干）职业院校建设重点专业、中央财政支持的实训基地依托专业；畜牧兽医专业侧重动物科学和动物医学专业技能的融合，立足北京，培养适应现代动物相关产业发展所需的高技术、技能人才。突出培养学生具备“动物繁育关键能力”、“动物疾病防治关键能力”、“动物安全生产关键能力”、“观赏动物及伴侣动物养护能力”、“特种实验动物饲养能力”，以满足产业新业态的发展所需。

运动马驯养与疾病防治专业组建于2018年，围绕马兽医、马术教练2个职业方向，立足北京，服务新兴产业，培养符合国家职业技能标准的养马、育马专业人才。突出培养学生具备“运动马养护专业能力”、“运动马兽医服务关键能力”、“运动马驯导关键能力”，以培养能较熟练地从事调教、骑乘、修蹄、订蹄、马房管理等方面急需的高技能应用型人才。

动物科学系现有教师14人，专业教师全部为双师型教师，既有高校教师资格证，也有专业技术人员资格证。其中教授3人，副教授7人，讲师2人，高级实验师2人。具有博士学位教师4人、硕士学位教师10人。目前在校学生295人。

动物科学系师资团队实力强。1名教师曾获第七届全国农业职业教育教学成果奖二等奖、北京市职业教育教学成果一等奖；2名教师曾获全国职业院校技能大赛教学能力比赛二等奖、全国职业教育信息化课程大赛三等奖、北京市职业院校技能大赛教学能力比赛一等奖；1名教师获北京市技术推广奖二等奖、北京市技术推广奖三等奖；2名教师分获北京市第四届职业技能大赛冠军教练“传承奖”、大学生动物防疫职业技能大赛“优秀指导教师奖”、全国职业院校宠物营养学知识竞赛“优秀指导教师奖”、第九届中国国际“互联网+”大学生创新创业大赛“优秀指导教师奖”等奖项。3名教师分别担任北京畜牧兽医学会理事、中国现代畜牧业职教集团理事等。1名教师为SCI期刊《Journal of the Science of Food and Agriculture》、《Heliyon》审稿人。1名教师为亚运马术项目马匹事务管理组兽医团队成员。

动物科学系毕业生可从事于动物生产企业、科研生产单位的专业技术岗位，也可以从事相关行业市场开拓、马房管理、畜产品质检、防疫、经营管理等服务管理岗位。